Muzeum Ojcowskiego Parku Narodowego zostało założone w 1965 roku. Początkowo mieściło się w willi „Jadwiga”, która obecnie jest siedzibą dyrekcji parku. W 1972 roku muzeum przeniesiono do budynku dawnego „Hotelu pod Łokietkiem”. W latach 1978–1979 rozszerzono ekspozycję, która funkcjonowała w tej formie do końca lutego 2008 roku. Następnie rozpoczęto prace nad nową wystawą oraz remont budynku. Po zakończeniu inwestycji w styczniu 2010 roku, a po zakończeniu prac w kwietniu tego samego roku, zmieniono nazwę placówki na Centrum Edukacyjno-Muzealne Ojcowskiego Parku Narodowego, zastępując Muzeum im. prof. Władysława Szafera.

    Obecnie muzeum prezentuje bogatą ekspozycję, która obejmuje faunę i florę Doliny Prądnika, zarówno współczesną, jak i prehistoryczną. W ramach wystawy znajduje się zrekonstruowana jaskinia, a także eksponaty związane z geologią, hydrologią, klimatem oraz ochroną środowiska. Muzeum gromadzi także zbiory dotyczące osadnictwa w tym rejonie, sięgające okresu 120 tys. lat, oraz pamiątki po profesorze Władysławie Szaferze.